PAR / REC文件实用程序

约翰斯霍普金斯，研究生先生

狗万体育官方app下载肯尼迪克里格研究所，F.M.柯比研究中心

表的内容

当地的文件转换工具

本地文件转换工具

rec2dcm	飞利浦PAR/REC文件到DICOM转换器
rec_convert	飞利浦PAR / REC文件来分析格式转换器
readrec_V4	MATLAB脚本读取PAR / REC文件
sortparrec.	Matlab脚本排序PAR/REC文件传输没有排序复选框选中
nocbPar	Perl脚本从PAR FilesMatlab脚本从PAR FilesMatlab脚本中删除对比度标准列，以排序标准标准/录制文件传输过于检查Sort CheckBox
DCM2PAR.	增强型-RDICOM到PAR / REC文件转换器（来自DICOM信息页面）

rec2dcm -转换飞利浦PAR/REC文件到DICOM格式

用法:rec2dcm

该脚本要求DICOM扫描具有与PAR/REC扫描相同的几何形状。DICOM扫描最好具有与PAR/REC完全相同的所有成像参数，因为该扫描的头将被剥离并附加到REC文件的图像数据中。脚本提示为各种扫描和患者信息字段(如研究日期和时间以及患者姓名)输入新值，但没有修改成像参数。为新的DICOM文件生成新的uid。对于标准DICOM，所有新文件获得相同的研究实例和系列实例UID，但唯一的SOP实例UID。

该脚本将切片，echo和动态编号的DICOM标头与每个图像的PAR文件中的相应值匹配。对于具有飞利浦私有字段的飞利浦DICOM文件，它还与扩散扫描的心跳数，B值和B方向索引与ASL扫描的标签索引匹配。对于扩散扫描，它不会检查扩散梯度B因子或方向矢量值 - 仅是索引。对于ASL仅适用于2个标签，支持控制和标签。

注意，如果存储到PACS，则可以删除私有字段，然后从PACS检索。这些文件似乎不会是飞利浦图像。

使用方法:

创建一个新的空目录
将PAR和REC文件复制到此目录中。
将名为“MR”的目录复制到此目录。它包含匹配几何形状的扫描的标准DICOM文件。确保MR文件夹中只有匹配PAR/REC扫描的DICOM文件。
或将单个增强mr格式的DICOM文件复制到此目录。这必须是匹配几何形状的扫描。
运行脚本。

对于标准DICOM，该脚本创建一个名为“output”的目录，其中包含新的DICOM文件，这些文件具有修改过的头文件和REC文件数据。

对于增强mr DICOM，脚本创建一个名为“output”的文件。使用修改过的头文件和REC文件数据。

从offis需要dcmdump和dcmodifyDCMtk工具包。

此脚本不应用于临床扫描。

Perl脚本：任何平台

rec_convert -将飞利浦PAR/REC文件转换为分析格式

用法：rec_convert [-o <输出root>] [-n] [-3] [-q] [-s] [-s]

< input-recfile >	philips rec文件是否转换为anaylze格式。这些文件将从扫描仪进行追溯到带有 _ _1.rec的名称的目录，其中是当数据导出到rec文件表单中时选择的识别名称，是收获数字。最终的1表示它是第一个重建 - 后处理可以增加此数字。
<输出根>	是一个可选的输出文件名根。如果没有给出，则使用输入文件的根。如果您希望不同目录中的输出文件比输入REC文件在不同的目录中，它可以包括路径。4D Analyze格式的输出根具有.img为图像数据文件和.hdr附加的Analyze头文件。对于3D分析文件，卷编号将在.mg或.hdr后缀之前附加。
- n	不要交换字节。默认情况下，执行字节交换以使Sunos或Macintosh兼容的文件。不要交换字节以用于IBM PC兼容（所有Windows Variants）或DEC系统。
－3	输出3D分析文件，而不是4D。
q	安静运行。
- s	为使用输入文件的Root命名的输出文件进行分列。
- d	转换后删除REC文件。

Philips Rec数据输入文件的名称可以具有任何形式，但必须以“.rec”或“.rec”结尾。必须有一个具有root名称的参数文件与rec文件匹配并结束在“.par”或“.par”中。PAR文件用于标题信息和数据排序，因此不需要DICOM文件作为1.x版本。由于它读取PAR文件排序信息，因此不需要对rec文件进行排序。

它可以转换包含幅度，真实，虚构和/或相位数据的REC文件。输出文件名有飞利浦“类型”代码在不是幅度时齐置。（_1实，_2虚构，_3阶段）。

例子：

/ g1 / jgillen > rec_convert 20070418 bsa18_6_1。rec JHU rec文件转换工具v2.3.3 (samfs)头信息:日期:2007.04.18时间:18:25:25名称:bsa18 iden:没有源自:调频desc Kirby研究中心:nrows: 512 ncols: 512位:16 xspc: 0.449000 yspc: 0.449000 slthk: 5.000000 slspc: 0.000000 FOVap: 230.000000 FOVfh: 5.000000 FOVrh: 186.875000《:1阶段:1动力学:34片:1平面:0 TR: 600000000 echo phase dynamic 1 1 34 done /g1/jgillen>

输入文件是确定为20070418BSA18的研究的获取6。输出文件具有与输入相同的根，并且在同一目录中，因为没有给出输出根。所有34个所有切片的动态都在.img文件中。

/g1/jgillen> rec_convert -s -3 rl10_7_1。rec JHU rec文件转换工具v2.3.3 (samfs)头信息:日期:2006.04.20时间:14:57:15名称:xxxxxx xxxxxx iden: # - # / g2 / xxxxx / Emergent2源自:调频desc Kirby研究中心:nrows: 128 ncols: 128位:16 xspc: 1.875000 yspc: 1.875000 slthk: 3.000000 slspc: 0.000000 FOVap: 216.000000 FOVfh: 150.000000 FOVrh: 240.000000《:1阶段:1 1动力学:239片:50平面:0 TR: 3000.000000回波相位动态1 1hdr rl10_7_1.061。hdr rl10_7_1.121。hdr rl10_7_1.181。hdr rl10_7_1.001。img rl10_7_1.061。img rl10_7_1.121。img rl10_7_1.181。img rl10_7_1.002。hdr rl10_7_1.062。hdr rl10_7_1.122。hdr rl10_7_1.182。hdr rl10_7_1.002。img rl10_7_1.062。img rl10_7_1.122。img rl10_7_1.182。img rl10_7_1.003。hdr rl10_7_1.063。hdr rl10_7_1.123。hdr rl10_7_1.183。HDR…rl10_7_1.058。hdr rl10_7_1.118。hdr rl10_7_1.178。hdr rl10_7_1.238。hdr rl10_7_1.058。img rl10_7_1.118。img rl10_7_1.178。img rl10_7_1.238。img rl10_7_1.059。hdr rl10_7_1.119。hdr rl10_7_1.179。hdr rl10_7_1.239。hdr rl10_7_1.059。img rl10_7_1.119。img rl10_7_1.179。img rl10_7_1.239。img rl10_7_1.060。hdr rl10_7_1.120。hdr rl10_7_1.180。hdr rl10_7_1.060。img rl10_7_1.120。img rl10_7_1.180。img / g1 / jgillen >

输出是名为RL10_7_1的目录。选择3D文件，以便是包含1卷（时间点）的239个动态中的每一个的标题和图像文件。

二:Solaris2
来源:构建在Solaris，MacOSX的，Centos6，Lubuntu

readrec_V4.2 -用于读取PAR/REC文件的Matlab脚本

使用:[data, header] = readrec_V4.2 (filename [， 'quiet'][， 'par'])

此脚本将在飞利浦PAR / REC文件中读取。它在具有多种数据类型的REC文件中读取（幅度，阶段，真实和/或虚构），并使用Rescale斜率和截距和缩放斜率进行适当的信号强度缩放。脚本支持PAR文件版本3,4,4.1,4.2和CORBADUMPER。如果录制文件是GZIP，它将被枪击成待读取的临时文件。

如果文件名被关闭调用，则使用GUI文件选择器。
如果filename是一个结构体，它会假设这是一个从前一个调用返回的PAR结构体，并将读取匹配的REC。
如果提供了'quiet'，则静默操作，不显示标题信息或进度条。
如果提供了“PAR”，则只读PAR文件，只返回“标题”结构 - “数据”将是一个空数组。
忽略Philips在R5.4+时添加的带有对比丸信息的新字段。

变量“数据”将包含从REC文件读取的图像数据。返回PAR文件版本的所有可能的尺寸。可以使用挤压来消除任何单级尺寸。

变量“标题”将使用包含PAR文件中的所有参数的结构返回。某些标题字段：

Dims - 标识每个维度的数据类型
尺寸-每个维度的尺寸
TBL - PAR文件底部表的整个内容
Tblcols—一个结构体:字段名是tbl的每一列的标识符，值是数据的列号。例如，使用tbl[tblcols]。[20]得到第20行Rescale_slope。这使得访问独立于par文件版本。

MATLAB脚本:任何平台

sortParRec -用于对PAR/REC文件进行排序的Matlab脚本

用法:sortParRec(<文件名>)

偶尔文件会被导出为PAR/REC格式，而不记得在扫描器上的非dicom导出工具中勾选Sort复选框。一些读取PAR/REC的软件假设数据是排序的，并忽略PAR文件的“idx”字段来决定顺序。这个脚本将读取未排序的PAR和REC文件，并按照扫描程序上创建的通常顺序将头文件和数据写出来，并选中Sort复选框。

这个脚本需要readrec_V4_2来读取数据。

MATLAB脚本:任何平台

nocbPar - Perl脚本，用于从PAR文件中删除对比bolus列

用法：nocbpar [ ...]

从R5.4开始，Philips在文件底部的PAR文件表的末尾添加了几个字段。这可能包括扫描期间给药的信息。有些软件会因为这些额外的意外字段而失败。在这些领域存在以下几个问题:

Philips没有增加文件顶部的版本号以表明格式发生了变化。
有7个添加的字段，但4个被指定为字符串。PAR文件中没有其他字符串字段。将这些行解析为一系列数字的软件将会失败。
未输入对比信息时，字符串字段是空白，因此在PAR文件表中不显示。这意味着如果没有对比信息，则找到3个0.000000的其他字段。但是如果输入了对比度信息，则会添加7个其他字段。

此脚本将删除描述对比度BOLUS字段的注释行，并从底部PAR表中的每行的末尾删除对比度标注数据。这允许现有软件在不修改的情况下读取PAR文件。

Perl脚本:任何平台