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DICOM实用程序

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DICOM服务器

哥斯拉上运行着两台DCMtk storescp服务器。飞利浦扫描仪与服务器协商传输协议，如果增强MR格式可用，扫描仪会选择该格式并以该格式传输。列出的第一台服务器支持增强的MR，因此从飞利浦扫描仪传输到此服务器将生成增强的MR格式文件。

第二台服务器已被配置为不支持增强mr，因此从扫描仪发送到那里的文件将采用经典的DICOM格式。第一个服务器实际上支持这两种格式，因此从其他源向它传输将生成发送方支持的任何格式的文件。

增强MR格式

经典的DICOM

注意：这些端口不对外开放。它们只能从KKI内部访问。

所有文件存放在服务器的/godzilla2/dicom目录下。在研究完成后运行一个后处理器，它检查DICOM头中的字段是否有标记和路径。如果存在，则将文件复制到指定的路径。

例如，在研究描述中写道:

#-#/g5/kirby/jgillen/scan_20190502/Subject1

目录/g5/kirby/jgillen/scan_20190502或/g5/kirby/jgillen/scan_20190502/subj1必须已经存在。在第一种情况下，将创建subj1目录。

如果路径规范中出现任何错误，文件将保留在/godzilla2/dicom中。超过30天的目录每晚都会被删除。

当地的工具

dcm_move或dcm_movegui—重命名和移动DICOM映像文件

用法:dcm_move (s < source-dir >] [- r] [- m模式][-][s] [- d] [- l] [- f | - r | - c] [n] [-] [< destdir >)

dcm_移动[-s][-R][-m模态]-u[]

dcm_movegui

dcm_move将读取DICOM文件，然后根据存储的研究编号、采集编号、切片编号以及可能的动态、回波或相位编号对其进行重命名和移动。有命令行开关用于控制图像文件的源和目标以及重命名的格式。dcm_movegui具有与dcm_move相同的功能，但可通过右侧显示的图形用户界面访问这些功能。GUI字段和命令行开关之间存在直接对应关系。

dcm_movegui

命令行开关：

输入开关
-s dicom源目录，默认：当前工作目录
-R 递归到源目录的所有子目录，默认值：仅源目录
——一个 处理所有找到的源文件，默认:提示每个研究
- m <形态> 仅检查命名的DICOM模态子目录，默认值为all（MR CT US USMF CR NM SC）
输出开关
- c 复制保留原始文件的文件，默认值：移动到其他目录
- r 原地重命名（表示平面名称-f），默认值：移动到另一个目录
是可写和可搜索的目标目录，默认为当前工作目录
-i 未创建信息文件
- l 忽略标题中的位置，默认值：如果找到，则移动到标题中的位置
- f 平面名称模式，默认:分层
- u unmove-对名称使用SOP实例UID
- 在acq目录名中使用SeriesDescription字段
- d 添加.dcm以输出文件名，这对某些Windows应用程序很有用
- n 无回声/相位/动态故障
- b 不要将非dicom文件移动到坏目录
q 无噪音输出

根据DICOM标题中的研究、序列和切片编号重命名图像。如果图像是飞利浦动态图像，则会根据研究、系列、切片和动态编号重命名图像。如果图像是GE心脏多期图像，则根据研究、序列、切片和相位编号对其进行重命名。如果文件具有无效的DICOM头，则会将其移动到名为“bad”的目录中。节目dcmdump从DCMtk包中读取DICOM头信息。

分级或平面:开关-f

没有平面开关，图像存储在目录和文件的层次结构中，从顶部命名，使用带有研究编号的目录，然后是带有序列号的目录，然后是带有切片编号的文件。如果研究有多个动力学（回波或相位），则文件名中将使用切片编号和动力学（回波或相位）编号。

No Dynamic:开关-n

当指定-n时，具有多个动力学或相位（时间点）的序列被视为解剖序列。使用DICOM标头中提供的图像编号对图像进行编号。它通过每个切片的时间点递增（即，首先是切片1的所有时间点，然后是切片2的所有时间点，等等）。最高图像编号是切片数*时间点数。

解剖序列的分层（no-f）（即无动力学/多相）：

分级(没有-f)用于动态/多相系列，没有指定-n:

平面(-f)用于解剖系列:

动态/多相系列的平坦（-f）和-n未指定：

患者历史字段:开关-l

如果头部的患者历史字段包含#-#<目录>和<目录>存在并且是可写和可搜索的，图像将被移动到<目录>，而不是命令行上命名的目录(或默认)。在命令行上使用-l来忽略存储的标记。

信息文件：开关-i

如果没有-i，则在每个系列目录中创建一个名为“info”的文件，其中包含有关研究、患者和系列的一些标识信息。使用-i命令行开关来禁止创建这个文件。警告:信息文件可能包含患者的姓名或其他私人信息。

警告

在传输映像时不要运行dcm_move。等待从扫描仪传输DICOM完成。dcm_move可能会移动一个传输不完全的映像，并导致simple_storage或其他DICOM服务器崩溃。

实例


压缩档案

发送dicom-将图像发送到dicom服务器

用法：发送dicom[-d][-a][-c destination][-p port][r][]

- d 最大延迟，默认值为0.5秒。
- l 使用CTN send_image发送图像。仅兼容经典DICOM图像-无增强mr, ct或pet
——一个 本地主持人的AE标题。
- s 目标的远程主机名或IP地址。
- p 远程DICOM端口。
- r 远程主机的DICOM AE标题。
一个或多个DICOM图像文件或包含要发送的DICOM图像文件的目录

此脚本将向DICOM服务器发送指定的DICOM图像。如果指定了目录，则将发送目录中的所有文件。没有递归-未检查命名目录的子目录。

DICOM协会使用本地AE标题。必须指定远程系统的AE标题、端口和主机名或IP地址。

如果正在发送多个图像，则在每次发送之间可能会使用延迟，以防止传输错误。延迟从0开始，每次出现错误时增加0.1秒，直到最大延迟。失败的传输将重试3次。在所有传输结束时，脚本将列出成功和失败的图像数量，您可以再次尝试发送失败的文件。

如果未提供文件/目录名，则检查与远程系统的连接（DICOM echo）。

带有我们本地扫描仪名称的此脚本链接允许传输到这些系统，而不需要提供AE标题、目的端口和名称或地址:

需要外部程序

该脚本使用DCMtkstorescu用于发送DICOM图像。经典图像可以使用CTN发送发送图像通过添加-l选项。DCMtk的埃科斯库用于测试模式和dcmdump检测经典与增强格式。有一个选项允许使用预定义主机修改字段-XNAT使用该选项将字段“已执行程序步骤的注释”复制到字段“患者注释”。这需要DCMtk的dcmodify．所有外部程序和预定义目的地的位置都在脚本开始时配置。

压缩文件-包括脚本、Windows和Solaris版本的CTN发送图像。从中获取系统的DCMtk二进制文件的办公室的网站。

dcmls

用法：dcmls<文件路径>

dcmls的工作方式很像Unix。ls-lR命令，递归地以长格式列出文件，包括权限、所有者、组、大小、访问日期和名称。如果文件是DICOM格式，它还列出了DICOM头字段的选择:SeriesDate、SeriesTime、StudyDescription、SeriesDescription、PatientName、PatientID、ProtocolName、SeriesNumber和PerformedProceduresStepDescription。

Perl脚本

dcminfo

用法：

dcminfo [- t标记(- x)] [f] [s] [- w <宽度>]< dicom-file > (< dicom-file >…]

dcminfo - r标记[c] [q] < dicom-file > (< dicom-file >…]

Dcminfo -l [-k] . txt

dcminfo——< dicom-file >

第一个表单将列出一个或多个DICOM文件的选定DICOM标记。如果指定了多个文件，则首先列出所有文件中具有相同值的标记，然后在一个或多个文件中列出不同的标记。额外的标签可以添加到预定义的列表中(见下面)。

- t 要显示的其他标记，冒号分隔，'*'表示所有
- x

与-t一起使用，清除默认标记列表
- s

全部搜索-默认为“搜索优先”
- w 显示数据表的最大宽度-默认值200

第二个表单将使用一个或多个标题标记重命名DICOM文件（请参阅下面的标记）。多个标记使用下划线（\）连接。如果任何文件缺少任何标记或生成的名称不唯一，则重命名将中止。追加扩展名.dcm。使用-c检查生成的名称。所有文件也将以第一种形式列出

- r 使用序列号重命名扫描的DICOM文件
- c 重命名前检查生成的名称。没有重命名任何文件。

标签:

可以使用键名或数字标记。对于数字标记，指定两个用逗号分隔的四位十六进制数字（例如0008103E）。使用冒号分隔多个键名或数字标记。在文件上使用dcminfo-l可以查看可用密钥名和标记的列表。

第三个表单列出了按数字标记排序的一个文件的所有DICOM字段名。添加-k将按键名排序。

- l 列出
- k 按键名排序，而不是按数字标记排序

第四个表单将以比dcmdump更干净的格式列出一个文件中的所有字段。所有私有字段名前面都有“.”。

——一个

列出一个文件的所有dicom元素

第一个表单的预定义标记为：

您可以使用一组首选标记创建~/.dcminforc文件，这些标记将覆盖上面列出的默认预定义标记。也可以替代默认的表格宽度。文件格式：

标签  …MaxWidth <数字>
Perl脚本

dcm2par

用法：dcm2par[..]

dcm2par是一个Perl脚本，它将一个或多个增强的MR DICOM文件转换为飞利浦专有的PAR/REC格式。当遗留软件需要PAR/REC输入文件，但数据仅以DICOM格式可用时，应使用此选项。如果在哥斯拉上使用，在处理完成后删除转换的PAR/REC-不要在线保留重复数据。

Perl脚本可以在Windows、Mac或Linux系统上使用。它需要Math:：Trig和Math:：Matrix Perl包。它还需要DCMTK工具包中的dcmdump程序。该工具包作为预编译的二进制文件从办公室e.V。．

该脚本已通过各种采集进行测试，主要是脑部扫描，包括各种解剖方案、扩散、ASL、BOLD fMRI、B0标测、B1标测、Dixon扫描和一些血管造影方案。在大多数情况下，转换后的PAR文件与扫描仪上生成的PAR文件相同。在某些情况下存在一些细微差异，包括：

Perl脚本

dcms2e

用法：

dcms2e

dcms2e——差异

命名的<目录>必须包含fMRI获取的第一个动态(即音量)的经典DICOM文件。该目录中的文件数必须等于所获取的片数。

必须有一对PAR/REC文件与命名的具有相同的根名称。此PAR/REC必须与经典DICOM文件相同。这些数据可以排序，也可以不排序。示例：该目录名为“02IOPEN”，PAR／rec为02yRest.Par和02yRest.rec。

使用经典DICOM文件的属性和REC文件中的图像数据，此脚本将创建名为.dcm的增强MR图像格式文件。此文件与直接从扫描仪传输的文件几乎相同。UID将不同，描述参考图像的序列将被删除，并且存在一些琐碎的舍入差异。

此脚本仅用于fMRI数据文件。必须只有一个或多个片的多个动态(卷)。脚本没有使用多回声、多阶段、扩散或ASL扫描进行测试。

此脚本对于生成用于扫描16384张以上图像的增强MR DICOM非常有用。如果图像超过16384张，扫描仪上当前的飞利浦软件无法将采集的图像作为增强MR发送。

在转换和验证数据后，请删除REC文件，因为这些文件非常大，并且现在在新的增强DICOM文件中复制了数据。

--diff选项将提供从扫描仪传输的文件与使用此脚本转换的文件之间差异的描述。

--diffs开关的输出

转换后的增强MR图像文件与从扫描仪传输的图像文件的区别

DICOM元信息头
实例创建时间
SOP实例UID(适用于整个文件和每个帧)
这些属性总是在创建DICOM文件时新生成的。
参考图像证据序列
参考图像序列
这些序列提供了有关用于指定此获取的定位器的信息。标准的DICOM文件不提供生成这些序列所需的信息，因此删除它们。
比吸收率值
梯度输出
像素带宽
像位病人
标准文件和增强文件或转换输出中的值之间的琐碎的舍入差异。
框架结构序列
这在标准DICOM文件中存在，但值大多为空。在扫描器导出的增强MR文件中，它们被填充。在转换后的文件中，它们是从标准文件中复制的空白。
窗口宽度和窗口中心
在导出的文件中，这些是由一些未知的算法计算出来的。在转换文件中，它们是使用经验确定的比例因子和数据的最大和最小。差异是微不足道的。
MR Max FP和MR Min FP
在导出的文件中，在将浮点图像数据缩小为存储在文件中的短整数之前，这些值将从浮点图像数据计算出来。对于转换后的文件，FP值是通过整数图像数据的最小值和最大值的比例来估计的——这些永远不会是精确的，因为在取整数时会丢失精度。

注意：需要DCMTK工具包中的dcmdump、dump2dcm和dcmodify。还有Perl模块Math:：Matrix。压缩文件

双色胺

[imag, info] = dicomeread(file_in) [imag, info] = dicomeread(file_in， 'Noscale') [imag, info] = dicomeread(file_in， ' order '， [1 2 3 4]) [imag, info] = dicomeread(file_in， 'Combine')[0 0 0 1]) image是n维图像信息，是dicominfo返回的结构，包含DICOM元数据使用帧内容序列、维度索引值读取增强mr DICOM图像的正确尺寸。-添加字段MatlabNames到返回的包含图像尺寸标签的DICOM头。前两个维度标注为“列”和“行”;其他标签来自DICOM维度描述标签字段。—将字段MatlabIndexes添加到返回的DICOM头中，该头包含每个维度的索引标签。前两个维度被排除在外。其他索引来自FunctionalGroupPointer和DimensionIndexPointer所指向的DICOM字段。对于扩散扫描，索引是b值和方向，对于ASL是有标签/无标签标签。-将字段MatlabItems添加到返回的DICOM头，其中包含每个图像的PerFrameFunctionalGroup项索引。 For example to access info for slice 9, echo 2, dynamic 7 of a multi-slice, multi-echo, multi-volume scan: items = fieldnames(info.PerFrameFunctionalGroupsSequence); h = info.PerFrameFunctionalGroupsSequence.(item(info.MatlabItems(9,2,7))) - Handles diffusion and other scans with incomplete matricies by combining dimensions E.g. b-value and gradient orientation in case of diffusion, scanning sequence and image type in case of B1 maps. - Order property: reorder image dimensions. Arg can be cell string of DICOM dimension names, a row of dimension numbers or 'Prompt' to set interactively. - Combine property: combine dimensions to reduce dimensionality. Arg is a row with 0's and 1's, a dimension with 1 is combined with dimension to the left. Combine is done after re-order. - Noscale Property: don't apply scale slope and intercept to data.
带有脚本和字典的Zip文件

dcmexamcard

用法:dcmexamcard < dicom-file >

该程序可以从飞利浦DICOM原始数据存储SOP文件中提取二进制大对象（BLOB）。这些文件被传输到支持并接受原始数据存储SOP的DICOM服务器。使用我们的DCMtk storescp服务器，文件以“RAW.”开头的名称存储，而不是分别用于增强MR或经典图像的“MRe.”或“MR.”。每次采集将有一个原始数据存储文件，每次研究将有一个附加文件。请注意，这些文件不包含原始数据，即k空间数据-DICOM原始数据存储IOD是一种允许存储任何类型的供应商特定数据的数据类型。

当从“管理”页面的“磁盘文件”面板中选择DICOM导出时，它们也会保存到扫描仪DICOM文件夹中。这些文件名以“XX_u2;”开头，而不是用于图像数据的“IM_2;”。每次采集将有一个原始数据存储文件，每次研究将有一个附加文件。

附加研究文件包含存储在单个DICOM字段中的研究ExamCard。程序从DICOM字段中提取对象，然后从对象中提取ExamCard，并使用BLOB中存储的ExamCard名称将其存储在文件中。此ExamCard将反映实际扫描的协议，而不是用于启动研究的存储ExamCard。请注意，如果在研究结束前发送DICOM数据，则将存储一份研究文件，并在该点之前完成扫描采集。最终可能会有多个研究原始数据文件-最后一个文件将包含完整的研究。

每次采集的文件都包含多个BLOB，这些BLOB将作为文本打印到标准输出。某些blob中某些字段的含义未知，打印时不进行解释。

不是所有的BLOBS都将出现。Pre-R5.2吗?扫描没有COILSTATE和HARDWARE_CONFIG blob。RC和CPX存在于保存原始或复杂数据的研究中。

该程序基于DCMtk的dcmdump，支持该程序的许多命令行开关。此外，还添加或修改了以下内容：

包含二进制文件的Zip文件

dcmcleanup

用法:dcmcleanup[<数据目录>…]

这个脚本将清理您的数据目录-技术人员从MR扫描仪传输DICOM和/或PAR/REC数据文件的目录。清理包括重命名文件，使其名称包含获取号和系列描述，移动一些额外的文件，并删除一些不需要的文件。

默认情况下操作当前工作目录。可以在命令行上指定一个或多个目录。

执行的操作：

该脚本需要：dcminfo、dcmexamcard、ExamCard_to_HTML和dcm_move。dcminfo和dcm_移动需要dcmdump。压缩文件

dcmshortacq

使用:dcmshortacq […]

此脚本将从增强型MR DICOM数据文件中删除最终部分采集。当功能磁共振成像采集在序列完成之前停止时，就会发生这种情况。文件中包含部分卷会阻止某些应用程序的处理。将创建一个备份文件，在验证更正后应删除该文件。

此脚本需要dcmdump和dcmodify。

dcm2btable

用法：dcm2btable[..]

从一个或多个增强mr DICOM DTI获取文件中转储b-table。表格由四个空格分隔的数字组成:b因子，三个角度，每个DTI方向一行。

这个脚本需要dcmdump。

国家卫生研究院资助项目P41 EB015909
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